某市城市规划区的东南部，按照批准的总体规划方案，有一个约60hm²的城市规划绿地。
某科研单位与当地村委会签订协议，在规划绿地内(现在为耕地)占用3hm²土地建设住宅，补偿费用1 000万元。一年后建成多层住宅五栋，建筑面积25 000m²，该科研单位在分房的过程中有职工向城乡规划行政主管部门举报该单位领导搞违法建设，要求查处。经查后，城市规划执法人员认为，该科研单位和村委会对农村集体土地进行变相买卖违法侵占耕地，同时也未报城乡规划行政主管部门审批，没有办理建设用地规划许可证和建设工程规划许可证。即行占地建设属于违法建设，且侵占规划绿地。严重影响城市规划，违法事实清楚，不用再找当事人调查，于是根据城乡规划法第四十条规定对违法建设作出予以没收的行政处罚决定，并经部门领导批准发出了行政处罚决定书。送达后，科研单位不服该行政处罚，向人民法院提起诉讼，经法院审理，判城乡规划行政主管部门败诉。
试分析：败诉的原因是什么 城市规划主管部门应该如何正确处理此案