某公司拟在城市规划区内建设1栋3万m²的办公楼，并已取得了建设工程规划许可证。该公司在委托一家甲级设计单位进行施工图设计时，要求对设计方案进行调整，并增加了建筑面积4000m²。该设计单位负责人曾多次向该公司催要规划部门的批准文件，但一直没有得到。在该公司的再三催促下，该设计单位完成了施工图设计。两年后工程竣工，在验收时被规划部门认定为违法建设。
试问：该项目为什么被认定为违法建设 请结合以上情况依法提出处理意见。