某公司拟在城市规划区内建设一座面积为1万m²的综合楼。该项目经过市规划行政主管部门批准，取得了建设工程规划许可证，该公司委托一家甲级设计单位进行施工图设计，对原规划方案的总平面布局做了调整，增加了建设面积2500m²。该设计单位负责人几次向该公司催要相关部门的批准文件，但一直未得到。在该公司的再三催促下，该设计单位完成了施工图设计，两年后工程竣工，在工程竣工验收时，被城市规划行政主管部门认定为违法建设。
该项目为何被认定为违法建设 请结合案情提出处理意见。