2002年9月，东方实业公司与长城生物工程研究所签订了一份技术合同，商定双方联合开发研制一种营养口服液。合同中的仲裁条款规定："因履行合同发生的争议，由双方协商解决；协商解决不了的，由仲裁机构进行仲裁。"2002年11月，双方发生争议，长城生物工程研究所向本单位所在地A市仲裁委员会递交了仲裁申请书，东方实业公司拒绝答辩。双方经过协商，重新签订了一份仲裁协议，商定将此合同争议提交东方实业公司所在地的B市仲裁委员会进行仲裁。事后，长城生物工程研究所担心B市仲裁委员会实行地方保护主义，故未申请仲裁，而向合同履行地的人民法院起诉，起诉时未说明此前两次的约定仲裁的情况，法院受理了本案，并向东方实业公司送达了起诉状副本，东方实业公司向法院提交了答辩状。法院经审理判决被告败诉，被告即上诉，理由是事先有仲裁协议，法院判决无效。 问： 本案应如何解决