某国有企业A获准于2001年12月31日在所使用的国有划拨土地上建成一综合大楼，总建筑面积为13200m²，建筑容积率为2.4。该大楼一至二层为商场，商场建筑面积为4300m²，两层建筑面积相同；三至四层为办公楼，建筑面积为3800m²，两层建筑面积相同；四层以上为住宅，已按政策分配给企业职工，进行了房改。
请根据以下情况回答问题：
企业A为完善土地产权，于2008年12月31日拟对该划拨土地使用权办理国有土地使用证，试问应按何程序办理 在办理土地登记手续时，企业甲拟申请按综合用途对全部土地进行登记，试问是否合理，并简述理由。