某进出口有限公司A以一般贸易方式向海关申报进口机床设备一批，所报货物不属于国家许可证件管理商品，价值人民币50万元。海关经查验发现，A公司实际进口货物为某型号多功能机床仪器设备，实际进口货物与申报商品虽然税率相同，但前者属于自动进口许可管理商品。因A公司进口申报行为涉嫌违法，海关对此立案调查。在此情况下，海关将会如何处理呢 处理的依据又是什么呢