某新设立的建设公司将其组织系统设计为矩阵组织结构模式。在实际运行中发现，由于公司职能部门与项目部之间的指令发生矛盾，影响了这个组织系统的运行效率。公司对此宜选择的做法是( )。
A．让两类部门自己解决矛盾
B．由最高层管理者亲自指挥
C．明确以纵向或横向的指令为主的管理模式
D．由员工判断接受谁的指令