【分析解答题】

税务机关于2005年底对甲公司进行纳税检查，发现该公司有以下情况：

(1) 开出的增值税专用发票中，出现同一编号发票的发票联、抵扣联、记账联之间销售金额和增值税额不一致的情况。税务机关对此情况进行详细记录，并对企业人员的解释进行录音、录像，对发票进行复制。甲公司对税务机关的以上行为进行抗议，认为税务机关侵害了企业相关人员的相关权利。
(2) 同时税务机关发现该企业在2005年将部分销售收入故意隐瞒，导致少交税款0.9万元，少交税款占应纳税款的10%。
要求：根据上述事实及有关规定，回答下列问题：
(1) 说明税务机关的行为是否合法
(2) 甲公司少交税款是否构成犯罪 依法应如何处理