某承包人通过资格预审后，对招标文件进行了仔细分析，发现业主所提出的工期要求过于苛刻，且合同条款中规定每拖延1天工期罚合同价的1‰。若要保证实现该工期要求，必须采取特殊措施，从而大大增加成本，还发现原设计结构方案过于保守。因此，该承包人在投标文件中说明业主的工期要求难以实现，因而按自己认为的合同工期(比业主要求的工期增加6个月)编制施工进度计划并据此报价；承包人证明新设计方案不仅能保证工程结构的可靠性和安全性，而且可降低造价约3%。
该承包人将技术标和商务标分别封装，在封口处加盖本单位公章和项目经理签字后，在投标截止日期前1天上午将投标文件报送业主。次日(即投标截止日当天)下午，在规定的开标时间前1小时，该承包商又递交了一份补充材料，其中声明将原报价降低4%。但是，招标单位的有关工作人员认为，根据国际上“一标一投”的惯例，一个承包人不得递交两份投标文件，因而拒收承包人的补充材料。
开标会由市招投标办的工作人员主持，市公证处有关人员到会，各投标单位代表均到场。开标前，市公证处人员对各投标单位的资质进行审查，并对所有投标文件进行审查，确认所有投标文件均有效后正式开标，宣读投标单位名称、投标价格、投标工期和有关投标文件的重要说明。
试问：

在该项目招标程序中存在哪些问题 分别作简单说明。