【案例5】某厂房建设场地原为农田。按设计要求在厂房建造时，厂房地坪范围内的耕植土应清除，基础必须埋在老土层下2.00m处。为此，业主在“三通一平”阶段就委托土方施工公司清除了耕植土并用好土回填压实至一定设计标高，故在施工招标文件中指出，施工单位无须再考虑清除耕植土问题。某施工单位通过投标方式获得了该项工程施工任务，并与建设单位签订了固定价格合同。然而，施工单位在开挖基坑时发现，相当一部分基础开挖深度虽已达到设计标高，但仍未见老土，且在基坑和场地范围内仍有一部分深层的耕植土和池塘淤泥等必须清除。 问题(1)在工程中遇到地基条件与原设计所依据的地质资料不符时，承包人应该怎么办(2)对于工程施工中出现变更工程价款和工期的事件之后，甲乙双方需要注意哪些时效性问题(3)根据修改的设计图纸，基坑开挖要加深加大，造成土方工程量增加，施工工效降低。在施工中又发现了较有价值的出土文物，造成承包人部分施工人员和机械窝工，同时承包人为保护文物付出了一定的措施费用。请问承包人应如何处理此事