中国公民李某和其妻子王某(系新加坡籍)经与两家有限责任公司甲公司与乙公司协商，拟共同出资设立一股份有限公司。为保证其公司能顺利成立，他们向某律师事务所进行咨询，在事务所法律人员的帮助下，他们拟定了公司章程。章程中规定：公司名称为中国兰德公司。注册资本为人民币480万元。采用募集方式设立经营范围为化工科技产品的生产与销售，在出资方式上：甲公司出资人民币200万元，乙公司提供厂房和办公区，协商一致，厂房等以人民币180万元作为乙公司的出资额，李某夫妇以自创的专利权作价100万元出资。章程中还规定成立后公司设立董事会和监事会，董事会成员为4人，分别为李某，王某及甲乙公司的原法人代表。章程经创立大会通过。他们于2006年5月6日向当地工商行政管理部门进行申请设立登记。当地工商行政管理部门工作人员经审查后，发现该公司不符合《公司法》条件而不准予登记。他们非常纳闷，赶忙去请曾咨询过的律师事务所的经理过来咨询。假如你是该经理，请你回答以下问题 (1)该公司申请登记过程中有哪些程序不符合《公司法》规定(2)你将如何指导该公司顺利通过申请设立登记